Зелени Балкани осъществяват в партньорство с WWF-International, GEF/Световна Банка, UNDP, програма Лайф, EURONATURE, ОПООС и други над 25 проекта и публични кампании, насочени към опазването на българските влажни зони, основно по поречията на р. Дунав, р. Марица и Черноморското крайбрежие. По-значимите, от които са:
- Изпълнение на дейностите в България по най-голямата трансгранична инициатива за възстановяване на влажни зони в Европа - Програмата "Зелен коридор Долен Дунав”;
- Закупени са 640 ха земи и влажни зони в района на Калимок (българско дунавско крайбрежие) с цел опазване на хабитатите на белооката потапница;
- "Консервация и възстановяване на влажните зони Калимок и Белене" - най-големият проект в българската природозащита в размер на 12 млн. долара. Проектът е подготвен от съвместен екип от Зелени Балкани и WWF-DCP, а е изпълняван от българското правителство;
- Обявени са над 15 нови защитени територии в района на Дунав, Горнотракийската низина, поречието на р. Марица и Черноморското крайбрежие, сред които и Природен парк Персина;
- Извършена е полева инвентаризация и подготовка на документи за включване в международната мрежа Натура 2000 на 85 влажни зони, с обща площ от 63 208 ха.;
- Възстановяване и консервация на видове и местообитания с европейска значимост в Поморийско езеро;
- Възстановяване хидрологичния режим на ЗТ Поморийско езеро. Възстановена е връзката (канала) между езерото и морето, което позволява нормалния водообмен и миграция на морските видове риба, които се хранят в лагуната.
- Ежегодно провеждане на международни работни ваканции за възстановяване на гнездовите местообитания на редки видове наземногнездящи птици (изградени са общо 4 400 кв.м изкуствени острови);
- Редовно участие в провеждането на ежегодното Международното преброяване на водолюбивите птици, организирано от Wetlands International;
- Десетки доброволни акции за борба с бракониерството на териториите на всички значими влажни зони в страната;
- Провеждането на кампания за защита на българските реки срещу неконтролируемото изземане на инертни материали, корекция на речните корита и унищожаване на крайречните гори.