Опазването на редки и застрашени от изчезване видове е сред основните приоритети на Зелени Балкани.
Работата ни е насочена към:преки консервационни дейности за опазване на видовете;
ограничаване на лимитиращите фактори, водещи до изчезването или намаляването на популациите на видовете;
- опазване на местообитанията на видовете;
- провеждане на мониторинг за състоянието на популациите на редки видове;
- разработване на Планове и Стратегии за опазване на видовете;
- подобряване на законодателството, свързано с опазването на видовете;
- създаване на капацитети за опазване и изследване на биоразнообразието;
- подпомагане осъществяването на контрол от страна на отговорните институции върху заплахите за видовете, свързани със закононарушения;
- образователни и информационни дейности, насочени към повишаване на екологичната култура на хората и осигуряването на подкрепа за природозащитните дейности.
Приоритет в работата ни е опазването на редките видове птици. Това е свързано с факта, че голяма част от застрашените видове са именно птици, както и че голяма част от специалистите в организацията са орнитолози. В тази връзка, организацията осъществява дългосрочни консервационни програми за следните видове:
